Мария Шукшина родилась в семье писателя, актера и режиссера Василия Шукшина и актрисы Лидии Федосеевой. Отец Маши рано ушел из жизни, когда ей было всего семь лет. Заменил отца кинооператор Михаил Агранович, он заботился и любил девочек все одиннадцать лет.
Мама часто рассказывала Марии об оборотной стороне артистической карьеры, о том, что актеры очень зависимые люди, многие не добиваются творческого успеха и счастья в личной жизни. Послушав маму, Мария поступила в Институт иностранных языков им. Мориса Тореза на факультет переводчиков, выучила английский и испанский, к тому же понимает итальянский и португальский. Окончив учебу, она стала работать по специальности. В конце 1980-х - начале 1990-х, Мария даже была брокером на Российской сырьевой бирже. Знание языков очень пригодилось Марии в жизни, к тому же это очень тренирует память. Мария Шукшина очень контактная женщина без звездных комплексов, сейчас даже невозможно представить, что в 15 лет она очень стеснялась своего высокого роста (180 см). Этот комплекс пропал, когда ее одноклассник Егор Кончаловский признался ей в любви. Мария стала уверенней в себе, хотя романа у них не было. У Марии Шукшиной четверо детей. Старшая дочь Анна ( студентка ВГИКа) уже вышла замуж и родила сына.
Медовый месяц у Анны был в лесном городке Пункахарью, где есть квартира у бабушки – Лидии Федосеевой-Шукшиной. Макар рос с няней. С ним Мария испытала настоящие трудности. В конце 2012 года Макар ушел из дома и неделю жил в доме Вишнякова - бывшего гражданского мужа Марии. Няня также воспитывает Фому и Фоку , в основном они живут на даче. Ее мечта, как и всякой, матери, чтобы дети были здоровы и счастливы и при этом стали бы достойными людьми. Мария сама водит машину, но сейчас ездит с шофером, можно в машине учить сценарий. Она любит читать Толстого «Определение религии — веры». Мария считает, что жить без веры невозможно. Вера дает надежду, которая поддерживает человека в любой ситуации.